Anhand der DNA-Daten von über 1000 Pferden konnte aufgezeigt werden, dass sich der Freiberger von anderen historisch eingekreuzten Rassen unterscheidet. Die aktuellen Ergebnisse zeigen laut der Forschungsanstalt Agroscope auch Wege auf, wie Inzucht reduziert werden kann.
Derzeit gibt es 11 Freiberger-Hengstlinien: sechs, die als ursprünglich gelten, und fünf, die von Hengsten anderer europäischer Rassen abstammen.Die Rasse der Freiberger entstand Ende des 19. Jahrhunderts in der Schweiz durch die Kreuzung einheimischer Stuten mit den zwei anglonormannischen Hengsten Valiant und Imprévu . Das FM-Herdebuch wurde 1921 offiziell veröffentlicht.
Um die Eigenschaften der letzten Schweizer Rasse zu erhalten, wurde das Herdebuch 1997 geschlossen, d.h. ein nach diesem Stichjahr geborenes eingekreuztes Fohlen gilt nicht mehr als reinrassiges FM-Pferd. FM-Pferde, die vor 1950 geboren wurden, gelten als reinrassig, auch wenn ihr Stammbaum Vorfahren anderer Rassen enthält.
1268 Pferden verglichen Mit über 600’000 Markern kann das Genom jedes einzelnen Pferdes genotypisiert und die genetische Vielfalt unter den Hauspferderassen untersucht werden: Verwandte Pferde haben mehr gemeinsame Marker als Pferde unterschiedlicher Herkunft. Neben den Verwandtschaftsbeziehungen wurde auch die individuelle Inzucht über das Genom untersucht.
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